РН калу зазвичай нейтральний або слаболужний (6,8 - 7,5). Більш кислий стілець, фізіологічний тільки у новонародженого, може вказувати на кишкові інфекції (кишкова паличка, ротавірус) або розлади травлення, такі як непереносимість лактози або жиру (стеаторея через недостатність підшлункової залози або застій жовчі).
На рН калу впливають харчові звички суб’єкта; наприклад, дієти, надмірно багаті м’ясом і молочними продуктами, роблять стілець більш лужним. Гнильна кишкова бактеріальна флора фактично руйнує амінокислоти, які уникли всмоктування, утворюючи токсичні і неприємно пахнуть аміни; отже, рН фекалій має тенденцію до збільшення внаслідок збільшення виробництва аміаку. Тому не випадково занадто лужний рівень калу, що супроводжується зниженням коротколанцюгових жирних кислот (див. Бутират), був пов’язаний із підвищеним ризиком колоректального раку.
Якщо рН фекалій має тенденцію до збільшення за наявності гнильного дисбактеріозу, він має тенденцію до зниження за наявності ферментативного дисбактеріозу, причини якого полягають у надмірному вживанні вуглеводів або поганому засвоєнні їх ( целіакія). Навіть за наявності "рясного споживання ліпідів, під час вегетаріанського харчування та тривалого голодування рН калу стає кислим.
Щоб уникнути спотворення результатів тесту, кал не повинен бути забруднений сечею, і його слід швидко охолодити, щоб запобігти аміаку сечовидільних бактерій та гнильним бактеріям зробити лужний рН калу.